磷酸三钠虽然具有多种优点和广泛的应用，但也存在一些缺点和限制。

首先，在食品工业中，磷酸三钠的过量使用可能会对人体健康造成负面影响。虽然它可以作为食品添加剂来改善食品的口感和质地，但过量摄入磷酸三钠可能导致人体内的钙、镁等矿物质失衡，引发一些健康问题，如腹泻、呕吐等。

其次，磷酸三钠在水处理中的应用也存在一些问题。虽然它可以降低水的硬度和减少水垢的生成，但在高温高压下，磷酸三钠本身也可能成为水垢的组成部分，导致锅炉等设备内部结垢和腐蚀。此外，磷酸三钠对水的pH值缓冲能力有限，可能导致水质波动，不利于设备的长期运行和维护。

另外，磷酸三钠在工业生产中的应用也存在一些限制。例如，在某些特定的化学反应中，磷酸三钠可能并不适用，因为它可能与某些物质发生反应，导致产品质量下降或产生副产物。此外，磷酸三钠的废弃物处理也是一个需要关注的问题，不当的处理可能对环境和生态造成负面影响。

综上所述，虽然磷酸三钠具有多种优点和广泛的应用，但在实际使用中需要根据具体情况进行评估和选择，避免过量使用或不当使用带来的负面影响。同时，对于废弃物和废水等处理也需要进行规范和科学的管理，以保护环境和人类健康。